Por que a palavra obcecado é grafada com C após o B, enquanto obsessão grafa-se com S após o B?

O sistema ortográfico em português é misto, ou seja, algumas palavras são grafadas de acordo com o critério fonético - a pronúncia -, enquanto outras são escritas com base na etimologia.
Obsessão, obcecar e obcecado são exemplos de palavras que seguem o critério etimológico, pois obedecem à grafia latina, de onde provieram.
Ocorre que obcecado e obsessão não tem a mesma origem, ou seja, não provém da mesma raiz latina, diferentemente de obcecar e obcecado. Esse último provém do latim obcaecatus, particípio de obcaecare, que significa "cegar, tornar cego".
Já a palavra obsessão também vem do latim, mas de obsessione, cujo sentido original é "assédio, cerco, bloqueio".
Em síntese, obcecado e obsessão têm origens diversas, daí as grafias diferentes.
Outas palavras da língua portuguesa costumam despertar esse mesmo tipo de dúvida, como acender (atear fogo) e ascender(subir). A primera provém do latim accendere, e a segunda, do latim ascendere. As duas têm exatamente a mesma pronúncia, mas são escritas de modo diferente porque a raiz delas não é a mesma.
A melhor maneira de ter certeza sobre a grafia correta de uma palavra, então, é a consulta a um bom dicionário, em que se encontra também a origem dela.